残業代が支払われていない限りいつでも請求できます。但し,給料日から2年間で時効消滅してしまうので、
早期の対応をお勧めします(なお、2年間の時効については、5年間に延長する立法が議論されているところです。)
転職の際に前の職場に残業代請求することを検討される方が多い印象ですが、
在職中に請求することももちろん可能です。残業代請求は労働者として当然の権利行使なので、
残業代請求をしたことで労働者を不利益に取り扱うことはできません。